Embera FC, nace en octubre de 2012, bajo el liderazgo de Elvin Flaco, joven que jugaba el futbol aficionado en torneos locales indígenas, luego formaliza el club de futbol, viendo la realidad que los clubes indigenas Embera no estaban en la palestra del deporte de futbol a nivel nacional en torneos aficionados y oficiales. Luego de haberse creado el club, se organiza la Primera Liga Embera de Fútbol(LEF), 2015, en el Estadio Javier Cruz García, en el Colegio Artes y Oficios.
Luego de varios años participando en ligas indígenas aficionadas, en el 2019, se inscribe de manera oficial en el torneo federado por la FEPAFUT, en la Liga de Corregimiento de San Juan, su sede en la 23 de San Juan. Después del 2019 en el 2022 participa en la Super Liga FUFU, en el Valle de San Juan, un torneo de futbol que aglutina a equipos de diferentes lugares de Colón, con trayectoria de jugadores que vienen de clubes federados.